No. En este caso, antes de generar la planilla debes aumentar el IBC (Ingreso Base de Cotización)en los parafiscales (Caja de Compensación Familiar, SENA e ICBF), por medio de la opción Empleados → Empleados → Novedades.

No debes reportar novedad de vacaciones, dado que si lo haces el sistema te solicitará la fecha de inicio del descanso remunerado y esa fecha nunca se dio.